Один из крупнейших российских музеев. Представлена уникальная музейная коллекция иконописи художественной школы XVI-XVII веков, произведения деревянной скульптуры, резьбы и литья представлены в Музее древнерусского искусства, расположенном в Митрополичьих палатах — бывшей резиденции ростовского митрополита Ионы Сысоевича. Уникальные собрания: ярославский провинциальный портрет, произведения художников русского авангарда, единственная в России коллекция работ позднего периода творчества Константина Коровина, западноевропейская мебель XVI-XVIII веков, коллекция фарфора и стекла XVIII веков, русская и европейская наградная и памятная медаль.
Музей является победителем конкурса «Окно в Россию».